Воды реки Калжыр текут по территории Восточно-Казахстанской области Республики Казахстан. Калжыр – один из притоков реки Иртыш, впадает в него справа. Начало река берёт в озере Маркаколь, являясь единственной вытекающая из озера рекой. Высота истока над уровнем моря составляет 1447 метров. Дальше по течению Калжыр проходит по каньонообразной долине с крутыми склонами. Устье реки находится в районе поселка Боран. Здесь река впадает в Чёрный Иртыш. Протяженность р. Калжыр – 120 км, площадь её водосборного бассейна – 3090 кв. км. Относится к водной системе: Иртыш ? Обь ? Карское море. Расход воды в районе Черняевки: 20,1 куб. м. в секунду.

На реке стоят населенные пункты, например, село Жанааул Бурановского сельского округа Курчумского района. Зимой на реке случаются ледяные заторы, из-за чего река выходит из берегов и затопляет поля. Иногда вода приближается к хозяйственным постройкам местных жителей.