К числу основных поверхностных источников воды на территории Южно-Казахстанской области относится река Бугунь – небольшой правый приток реки Сыр-Дарьи, стекающий с юго-западных склонов хребта Каратау. Бугунь образуется слиянием рек Улькен-Бугунь и Бала-Бугунь. Общая протяженность реки составляет около 164 километров, площадь водосборного бассейна – 4680 квадратных километров. Ранее впадала в бессточное озеро Кумколь, теперь соединена с бассейном Сырдарьи Туркестанским обводнительным каналом.

Пополнение реки водами происходит преимущественно за счет талого снега. Если температура воздуха поднимается стремительно и снег тает быстро, то река может выйти из берегов, производя значительные наводнения. Воды Бугунь используются для орошения.

В 2014 году сотрудниками Южно-Казахстанской государственной фармацевтической академии города Шымкент производились пробы воды в реке. В ходе исследования выяснено, что река Бугунь относится к числу незагрязненных. Однако содержание некоторых ингредиентов обнаружено в большом количестве. В частности, превышено содержание меди и нитратов. Ученые связывают это со стоком вод с поливных земель.